시(대본 속집 제1, 2절)
 석해 ... 9
 제 화병 팔절 ... 9
 모춘 우작 ... 10
 우 화 의고 ... 11
 우야 ... 12
 기제 사락정 ... 12
  농사 ... 13
  누에치기 ... 13
  고기잡기 ... 14
  나무하기 ... 14
 이죽 차운 강절 고죽 팔수 ... 14
서(대본 속집 제3권)
 답 이상국 ... 18
 답 이상국 ... 19
 답 이숙헌 ... 21
 답 이숙헌 ... 23
서·기·발·묘갈지명(대본 제42, 47권)
 주자서 절요 서 ... 24
 향립 약조 서 ... 27
 단양산수 가유자 속기 ... 30
 도산십이곡 발 ... 34
 상사 박군 묘갈명 ... 35
 추만거사 정군 묘갈명 ... 38
 가선대부 예조참판 겸 동지 춘추관사 오위도총부 부총관 이공 묘갈명 ... 40
 청송 성선생 묘갈명 ... 44
 유명 조선국 조봉대부 행 홍문관 교리 지제교 겸 경연 시독관 춘추관 기주관 이공 묘갈명 ... 49
서문(대본 속집 제8권)
 이학통록 서 ... 55
 천명도설 ... 56
  제1절 논 천명지리 ... 56
  제2절 논 오행지기 ... 57
  제3절 논 이기지분 ... 58
  제4절 논 생물지원 ... 58
  제5절 논 인물지수 ... 59
  제6절 논 인심지구 ... 60
  제7절 논 성정지목 ... 61
  제8절 논 의기선악 ... 61
  제9절 논 기질지품 ... 62
  제10절 논 존성지요 ... 63
행장(대본 제48·49권)
 숭정대부 행 지중추부사 농암 이선생 행장 ... 65
 성주목사 황공 행장 ... 76
 정암 조선생 행장 ... 82
 중 대광보국 숭록대부 의정부 좌의정 겸 영경연감 춘추관사 행숭정대부 의정부 우찬성 겸판의금부 지경연사 권공 행장 ... 92
계몽전의(대본 계몽전의)
 계몽전의 ... 104
  본도서 제1 ... 105
   5음이 날을 맡음 ... 105
   6율이 진율 맡음 ... 107
   5운 ... 107
   6기 ... 108
   참동계 ... 108
   두 설의 같고 다름의 변증 ... 116
   괘를 그린 원리 제2 ... 123
   주자와 동씨의 학설이 다른 점을 나타낸 그림표 ... 124
   참동계의 납갑도 ... 131
   점치는 수의 계산법 제3 ... 137
   4상의 변수 ... 139
   점의 변화를 보는 법 제4 ... 164
   잡서에 의한 고증 ... 168
   지가 벌어져 변화하는 괘와 효의 예 ... 169
   괘 안에서 세와 응이 있는 곳을 알아내는 법 ... 171
   필담으로 납갑을 논함 ... 172
연보(Ⅰ) (대본 연보 제1권)
 효종 홍치 14년∼18년 ... 175
 무종 정덕 원년∼16년 ... 175
 세종 가정 원년∼39년 ... 176
연보(Ⅱ) (대본 연보 제2권)
 세종 가정 40년∼45년 ... 193
 목종 융경 원년∼6년 ... 196
 만력 원년∼24년 ... 214
언행록(Ⅰ) (대본 언행록 제1권)
 언행록 범례 ... 215
 언행록 차기 제자 목록 ... 218
 유편 ... 220
  학문 ... 220
  독서 ... 224
  격치를 논함 ... 229
  존성 ... 232
  지경을 논함 ... 234
  덕을 이룸 ... 238
  사람을 가르침 ... 240
언행록(Ⅱ) (대본 언행록 제2권)
 유편 ... 249
  분별하여 강론함 ... 249
  타고난 성질 ... 259
  기거와 어묵의 절 ... 260
  몸을 다스림 ... 263
  집안 일을 보살핌 붙임 검약 ... 265
  조상을 받듬 ... 269
  가훈 ... 272
  시골에서 살아감 ... 276
  받는 것을 사양함 ... 280
언행록(Ⅲ) (대본 언행록 제3권)
 유편 ... 285
  교제 ... 285
  음식·의복의 절 ... 288
  산수를 즐김 ... 288
  출처 ... 293
  임금을 섬김 ... 304
  임금에게 아뢰어 경계함 ... 306
  벼슬살이 ... 317
언행록(Ⅳ) (대본 언행록 제4권)
 유편 ... 322
  이기를 논함 ... 322
  예를 논함 관·혼·상·제 ... 327
  시사를 논함 ... 345
언행록(Ⅴ) (대본 언행록 제5권)
 유편 ... 351
  인물을 논함 ... 351
  과거의 폐단을 논함 ... 360
  바른 학문을 숭상함 ... 363
  잡기 ... 366
  연신계사 ... 371
  고종기 ... 376
언행록(Ⅵ) (대본 언행록 제6권)
 부록 ... 381
  실기 ... 381
  언행통술 문인 정유일 지음 ... 391
  유사 이이 지음 ... 399
  행실의 약록 박순 지음 ... 401
  송중헌의 ... 402
  교문 ... 410
   문묘에 종사할 때에 중외에 내린 교문 ... 410
   문묘에 종사할 때에 그 가묘제사에 내린 교문 ... 411
   종묘에 향배할 때에 가묘 제사에 내린 교문 ... 413
  제문 이정 ... 414
  또 이이 ... 414
  또 유운룡 ... 415
  또 남치리 ... 416
  또 김수 ... 417
  또 유근 ... 417
  또 이덕홍 ... 418
  사제문 추보 ... 419
  비답 ... 420