CONTENTS
Contributors  ... xi
Preface  ... xvii
Part One. BASIC METHODOLOGY
  1. Optimization of PCRs  / Michael A. Innis ; David H. Gelfand ... 3
  2. Amplification of Genomic DNA  / Randall K. Saiki ... 13
  3. Amplification of RNA  / Ernest S. Kawasaki ... 21
  4. RACE : Rapid Amplification of cDNA Ends  / Michael A. Frohman ... 28
  5. Degenerate Primers for DNA Amplification  / Teresa Compton ... 39
  6. cDNA Cloning Using Degenerate Primers  / Cheng Chi Lee ; C. Thomas Caskey ... 46
  7. PCR with 7-Deaza-2-Deoxyguanosine Triphosphate  / Michael A. Innis ... 54
  8. Competitive PCR for Quantitation of mRNA  / Gary Gilliland ; Steven Perrin ; H. Franklin Bunn ... 60
  9. Quantitativ ePCR  / Alice M. Wang ; David F. Mark ... 70
  10. Production of Single-Stranded DNA by Asymmetric PCR  / Peter C. McCabe ... 76
  11. Cloning with PCR  / Stephen J. Scharf ... 84
  12. Oligonucleotide Ligation Assay  / Ulf Landegren ; Robert Kaiser ; Leroy Hood ... 92
  13. Nonisotopically Labeled Probes and Primers  / Corey Levenson ; Chu-an Chang
  14. Incorporatin of Biotinylated dUTP  / Y. -M. Dennis Lo ; Wajahat Z. Mehal ; Kenneth A. ... 113
  15. Nonisotopiec Detection of PCR Products  / Rhea Helmuth ... 119
  16. Thermostable DNA Polymerases  / David H. Gelfand ; Thomas J. White ... 129
  17. Procedures to Minimize PCR-Product Carry-Over  / Shirley Kwok ... 142
  18. Sample Preparation from Blood, Cells, and Other Fluids  / Ernest S. Kawasaki ... 146
  19. Sample Preparation from Paraffin-Embedded Tissues  / Deann K. Wright ; M. Michele Manos ... 153
  20. Amplifying Ancient DNA  / Svante P a · a ·· bo ... 159
Part Two. RESEARCH APPLICATIONS
  21. In Vitro Transcription of PCR Templates  / Michael J. Holland ; Michael A. Innis ... 169
  22. Recombinant PCR  / Russell Higuchi ... 177
  23. DNase I Footprinting  / Barbara Krummel ... 184
  24. Sequencing with Taq DNA P9olymerase  / Mary Ann D. Brow ... 189
  25. Direct Sequencing with the Acid of Phage Promoters  / Steve S. Sommer ; Gobinda Sarkar ; Dwight ; D. Ko ... 197
  26. Identifying DNA Polymorphisms by Denaturing Gradient Gel Electrohphresis  / Val C. Sheffield ; David R. Cox ; Richard M. Myer ... 206
  27. Amplification of Flanking Sequences by Inverse PCR  / Howard Ochman ; Meetha M. Medhora ; Dan Garza ; D ... 219
  28. Detection of Homologous Recombinants  / Micahel A. Frohman ; Gail R. Martin ... 228
  29. RNA Processing : Apo-B  / Lyn M. Powell ... 237
  30. A Transcription-Based Amplification System  / T. R. Gingeras ; G. R. Davids K. M. Whitfiled ; H ... 245
  31. Screening of λgt11 Libraries  / Kenneth D. Fiedman ; Nancy L. Rosen ; Peter J. Ne ... 253
Part Three. GENETICS AND EVOLUTION
  32. HLA DNA Typing  / Henry A. Erlich ; Teodorica L. Bugawan ... 261
  33. Multiplex PCR for the Diagnosis of Duchenne Muscular Dystrophy  / Jeffrey S. Chamberlain ; Richard A. Gibbs ; Joel ... 272
  34. Isolation of DNA from Fungal Mycelia and Single Spores  / Steven B. Lee ; John W. Taylor ... 282
  35. Genetic Prediction of Hemophilia A  / Scott C. Kogan ; Jane Gitschier ... 288
  36. Haplotype Analysis from Single Sperm or Diploid Cells  / Ulf Gyllensten ... 300
  37. Amplification of Ribosomal RNA Genes for Molecular Evolution Studies  / Mitchell L. Sogin ... 307
  38. Amplification and Direct Sequencing of Fungal Ribosomal RNA Genes for Phylogenetics  / T. J. White ; T. Bruns ; S. Lee ; J. Taylor ... 315
Part Four. DIAGNOSTICS AND FORENSICS
  39. Detection of Human T-Cell Lymphoma／Leukemia Viruses  / Garth D. Ehrlich ; Steven Greenberg ; Mark A. Abb ... 325
  40. Detection of Human Immunodeficiency Virus  / David E. Kellogg ; Shirley Kwok ... 337
  41. Detection fo Hepatities B Virus  ... 348
  42. Detection and Typing of Genital Human Papillomaviruses  / Yi Ting ; M. Michele Manos ... 356
  43. Detection of Human Cytomegalovirus  / Darryl Shibata ... 368
  44. PCR Amplification of Enteroviruses  / Harley A. Rotbart ... 372
  45. Novel Viruses  / David Mack ; Oh-Sik Kwon ; Fred Fallona ... 378
  46. Analysis of ras Gene Point Mutations by PCR and Oligonucelotide Hybridization  / John Lyons ... 386
  47. B-Cell Lymhpoma : t(14,18) Chromosome Rearrangement  / Marco Crescenzi ... 392
  48. Detecting Bacterial Pathogens in Environmental Water Samples by Using PCR and Gene Probes  / Ronald M. Atlas ; Asim K. Bej ... 399
  49. PCR in the Diagnosis of Retinoblastoma  / Sang-Ho Park ... 407
  50. Determination of Familial Relationships  / Cristi a n Orrego ; Mary Chaire King ... 416
Part Five. INSTRUMENTATION AND SUPPLIES
  51. PCR in a Teacup : A Simple and Inexpensive Method for Thermocycling PCRs  / Robert Watson ... 429
  52. A Low-Cost Air-Driven Cycling Oven  / Peter Denton ; H. Reisner ... 435
  53. Modification of a Histokinette for Use as an Automated PCR Machine  / N. C. P. Cross ; N. S. Foulkes ; D. Chappel ; J. ... 442
  54. Organizing a Laboratory for PCR Work  / Cristian Orrego ... 447
  55. Basic Equipment and Supplies  / Roberta Madej ; Stephen Scharf ... 455
Index  ... 461