추천사 ... 6
역자 서문 ... 8
서문 ... 15
1장. 생물학과 전산학
 DNA의 구조 ... 26
 단백질의 구조 ... 28
 인 실리코 ... 29
 컴퓨터 사용의 한계 ... 31
2장. 펄 시작하기
 쉽지만 오래 공부해야 할 언어 ... 34
 펄의 장점 ... 36
 펄 설치 ... 39
 펄 프로그램 실행 방법 ... 44
 문서 편집기 ... 46
 도움말 찾기 ... 47
3장. 프로그래밍 기술
 프로그래밍, 무엇부터 시작할까 ... 52
 편집, 실행, 수정, 저장 ... 52
 프로그래밍 환경 ... 55
 프로그래밍 전략 ... 56
 프로그래밍 과정 ... 59
4장. 서열과 문자열
 서열 데이터의 표현 ... 68
 DNA 서열 저장을 위한 프로그램 ... 71
 DNA 조각 연결 ... 77
 전사 : DNA를 RNA로 ... 81
 펄 문서의 사용 ... 85
 펄의 역상보 계산 ... 86
 단백질, 파일, 배열 ... 91
 파일에서의 단백질 해석 ... 91
 배역 ... 96
 스칼라 문맥과 리스트 문맥 ... 100
 연습문제 ... 102
5장. 모티프와 루프
 제어 흐름 ... 106
 코드 배치 ... 114
 모티프 탐색 ... 116
 뉴클리오타이드 개수 세기 ... 124
 문자열을 배열로 분해하기 ... 126
 문자열에서의 연산 ... 134
 파일에 쓰기 ... 140
 연습문제 ... 144
6장. 서브루틴과 버그
 서브루틴 ... 147
 스코핑과 서브루틴 ... 152
 명령어 라인 인자와 배열 ... 159
 데이터를 서브루틴으로 보내기 ... 163
 서브루틴 모듈과 라이브러리 ... 168
 코드의 버그 수정 ... 170
 연습문제 ... 187
7장. 변이와 임의화
 임의수 생성기 ... 190
 임의화를 사용한 프로그램 ... 192
 DNA 변이 모의실험 프로그램 ... 200
 임의의 DNA 생성하기 ... 213
 DNA 분석 ... 220
 연습문제 ... 227
8장. 유전자 코드
 해시 ... 231
 생물학을 위한 데이터 구조와 알고리즘 ... 233
 유전자 코드 ... 240
 DNA를 단백질로 번역하기 ... 250
 FASTA 포맷 파일에서 DNA 데이터 읽기 ... 255
 리딩 프레임 ... 266
 연습문제 ... 273
9장. 제한 지도와 정규 표현식
 정규 표현식 ... 287
 제한 지도와 제한 효소 ... 280
 펄 연산자 ... 297
 연습문제 ... 298
10장. GenBank
 GenBank 파일 ... 303
 GenBank 라이브러리 ... 307
 서열과 주석 분리하기 ... 309
 주석 파싱하기 ... 319
 DBM을 이용한 GenBank 인덱싱 ... 345
 연습문제 ... 352
11장. 단백질 데이터 뱅크
 PDB 개요 ... 356
 파일과 폴더 ... 358
 PDB 파일 ... 369
 PDB 파일 파싱 ... 379
 다른 프로그램 제어 ... 391
 연습문제 ... 398
12장. BLAST
 BLAST 구하기 ... 402
 문자열 매칭과 상동성 ... 403
 BLAST 출력 파일 ... 405
 BLAST 출력 파싱 ... 410
 데이터 표현 ... 422
 바이오펄 ... 428
 연습문제 ... 436
13장. 그밖의 논제
 프로그램 디자인 기술 ... 439
 웹 프로그래밍 ... 440
 알고리즘과 서열 정렬 ... 441
 객체 지향 프로그래밍 ... 441
 펄 모듈 ... 441
 복합 데이터 구조 ... 442
 관계형 데이터베이스 ... 442
 마이크로어레이와 XML ... 443
 그래픽 프로그래밍 ... 444
 네트워크 모델링 ... 444
 DNA 컴퓨터 ... 445
부록 A. 리소스 ... 447
부록 B. 펄 요약 ... 459
찾아보기 ... 504