第首卷 緖論
  卷首上 第一冊  ... 3
    集例  ... 3
    先天圖  ... 5
    天地人物氣候圖  ... 6
    明堂仰伏圖  ... 7
    臟腑圖  ... 7
    用藥檢方總目  ... 8
    釋方  ... 27
    音子  ... 30
  卷首下 第二冊  ... 33
    歷代醫學姓氏  ... 33
    原道統說  ... 48
    陰척  ... 49
    保養 附導引  ... 51
    運氣  ... 56
第一卷 總論
  卷一上 第三冊  ... 65
    經絡  ... 66
    臟腑  ... 79
    觀形察色  ... 93
    聽聲審音  ... 93
  卷一中 第四冊  ... 94
    問證  ... 94
    診脈  ... 96
  卷一下 第五冊  ... 121
    針灸 附煉臍  ... 121
第二卷 本草論
  卷二上 第六冊  ... 142
    本草目錄  ... 143
    本草總括  ... 149
    本草分類(風類·熱類)  ... 153
  卷二下 第七冊  ... 179
    本草分類 二(濕類·燥類·寒類)  ... 179
  卷又二上 第八冊  ... 219
    本草分類 三(瘡類·食類穀·食類菜)  ... 219
  卷又二下 第九冊  ... 246
    本草分類 四(食類果·食類獸·食類禽·食類蟲魚·食治方)  ... 246
第三卷 病機
  卷三上 第十冊  ... 271
    溫暑  ... 272
    傷寒  ... 274
  卷三下 第十一冊  ... 307
    傷寒用藥賦  ... 307
    傷寒總方  ... 326
    內傷  ... 334
    內傷總方  ... 340
第四卷 雜病纂要
  卷四上 第十二冊  ... 345
    雜病提綱  ... 345
    雜病分類 上  ... 357
  卷四下 第十三冊  ... 376
    雜病分類 下  ... 376
第五卷 婦人科·小兒科·外科
  卷五上 第十四冊  ... 407
    婦人門  ... 407
    小兒門 上  ... 420
  卷五下 第十五冊  ... 441
    小兒門 下  ... 441
    外科  ... 457
第六卷 雜病用藥賦
  卷六上 第十六冊  ... 479
    雜病用藥賦 上  ... 479
  卷六下 第十七冊  ... 512
    雜病用藥賦 下  ... 512
第七卷 治方及習醫規格
  卷七上 第十八冊  ... 533
    婦人小兒外科用藥賦  ... 533
  卷七下 第十九冊  ... 565
    雜病婦人小兒外科總方  ... 565
    通用古房詩括  ... 567
    急救方  ... 592
    怪疾  ... 595
    治法  ... 598
    習醫規格  ... 603