Ⅰ. HLA의 생물학
   1. HLA 유전복합체, 단백질 구조 및 기능 ... 14
      1. 인간의 주조직적합성항원 : HLA ... 14
      2. HLA 유전체(HLA complex) ... 15
      3. HLA 단백질과 유전자 구조 ... 19
      4. HLA의 기능 : 항원제시(antigen presentation) ... 20
      5. 항원처리(antigen processing) ... 24
      6. HLA class Ⅲ 유전자 산물 ... 26
      Appendix. Minor histocompatibility antigen ... 26
   2. HLA 다형성과 명명법 ... 30
      1. 다형성(polymorphism)의 정의 ... 30
      2. HLA 다형성 ... 32
      3. HLA 다형성을 유발하는 주요 기전 ... 33
      4. HLA 다형성에 대한 자연선택의 집단유전학적 증거 ... 35
      5. HLA 다형성을 설명하는 다른 모델 ... 39
      6. 새로운 대립유전자가 생성되는 기전 ... 40
      7. HLA 명명의 역사와 오늘날의 명명법 ... 42
      8. HLA 명명법에서 유의해야 할 사항 ... 44
      Appendix 1. Highly polymorphic locus의 정의 ... 47
      Appendix 2. 자연선택의 수리적 모델 ... 49
      Appendix 3. Neutrality model을 이용한 유전자 다형성의 설명 ... 53
      Appendix 4. HLA 혈청학적 특이성(serologic specificity) ... 55
   3. HLA 적합성과 장기이식 ... 58
      1. 동종인식(allorecognition) ... 58
      2. 신장이식의 거부반응 양상 ... 61
      3. 조혈모세포이식에서의 이식편대숙주병(graft-versus-host disease) ... 65
      4. 신장이식에서 HLA 적합성의 영향 ... 69
      5. 조혈모세포이식에서 HLA 적합성의 영향 ... 69
      Appendix 1. 조혈모세포이식 이외에서 발생하는 GVHD ... 72
      Appendix 2. 공여자 림프구 주입(donor lymphocyte infusion, DLI) ... 73
      Appendix 3. ABO 혈액형 부적합 고형장기 이식 ... 74
      Appendix 4. Haploidentical HSCT ... 76
   4. HLA 형별검사 ... 78
      1. 혈청학적 HLA 형별검사의 역사 ... 78
      2. 혈청학적 검사를 위한 항혈청(alloantisera)의 획득 ... 80
      3. 광항원명(broad specificity)과 개별항원명(split specificity) ... 81
      4. 교차반응군(cross reactive group, CREa) ... 83
      5. 보체의존성 미세림프구세포독성법(microlymphocytotoxicity) ... 85
      6. 분자생물학적 검사법을 이용한 HLA 형별검사 ... 88
      Appendix 1. 뇌사자 신장이식 대기환자의 점수부여 체계 ... 93
      Appendix 2. KMDP를 통한 기증희망자의 HLA type 등록과 공여자 검색 ... 96
      Appendix 3. NMDP code ... 98
   5. HLA 항체검사 ... 102
      1. HLA 항체검사의 개요 ... 102
      2. 교차시험(crossmatch) ... 103
      3. Panel reactive antibody(PRA) ... 113
      4. Antibody-mediated rejection(AMR) ... 121
      Appendix. Luminex 기법 ... 124
Ⅱ HLA 통계학
   6. HLA 대립유전자 빈도 분석 ... 128
      1. 대립유전자 빈도에 대한 유전통계학적 표현 ... 128
      2. 유전자형 빈도 분석을 위한 통계적 모델 ... 129
      3. 대립유전자 빈도 분석을 위한 통계적 모델 ... 130
      4. 하디 - 와인버그 가설(Hardy - Weinberg hypothesis) ... 132
      5. HLA 대립유전자 빈도 구하기 ... 138
      6. 한국인의 HLA 대립유전자 분포 ... 144
      Appendix 1. 유전통계학에서 흔히 사용되는 확률분포 ... 149
      Appendix 2. 최대우도추정량(maximun likelihood estimator) ... 150
      Appendix 3. 좋은 추정량의 조건 ... 153
      Appendix 4. SAS allele procedure ... 154
   7. HLA 일배체형 빈도 분석 ... 158
      1. 일배체형(haplotype)의 정의와 중요성 ... 158
      2. 일배체형 빈도 분석 ... 159
      3. 연쇄불평형(linkage disequilibrium, LD) ... 164
      4. HLA complex내의 LD block ... 170
      5. 한국인의 HLA 일배체형 빈도 ... 171
      Appendix 1. EM 알고리즘을 이용한 HLA 일배체형 빈도 추정 ... 174
      Appendix 2. SAS의 haplotype procedure ... 177
      Appendix 3. HLA 유전자 부위에서 genetic distance 구하기 ... 179
   8. HLA - 질병연관성 분석 ... 184
      1. HLA 연관 질환들의 일반적 특징 ... 184
      2. HLA - 질병 연관성 기전 ... 185
      3. HLA - 질병 연관성 연구의 방법론 ... 187
      4. 연관성 연구(association study)에서 관찰되는 오류 ... 191
      5. HLA와 강한 연관성을 보이는 질환 ... 194
      Appendix 1. 유전력(heritability) 추정 ... 200
      Appendix 2. 가계를 이용한 유전연관 연구(linkage study) -LOD, ASP, TDT ... 202
      Appendix 3. SAS／Genetics를 이용한 연관성 연구의 통계 분석 ... 209
      Appendix 4. 연관성 연구에서 적절한 검체 수의 산정 ... 213
      Appendix 5. SAS／Genetics에서 일배체형 빈도의 비교 ... 215
   9. HLA - 질병연관성 메타분석 ... 220
      1. 메타분석(meta-analysis)의 개요 ... 220
      2. 모수효과 모형 ... 222
      3. 랜덤효과 모형 ... 223
      4. 범주형 자료에서 odds ratio를 이용한 메타분석법 ... 227
      5. 범주형 자료에서 relative risk를 이용한 메타분석법 ... 229
      Appendix 1. Publication bias ... 230
      Appendix 2. 메타분석 예제 ... 236
   10. HLA를 이용한 인류유전학적 연구 ... 252
      1. 인류유전학적 연구와 유전자 다형성 ... 252
      2. 대립유전자 빈도를 이용한 민족간 유전거리(genetic distance) 구하기 ... 253
      3. 계통발생학적 나무(phylogenetic tree) 그리기 ... 259
      4. HLA를 이용한 인류유전학적 연구 ... 262
      5. 대응분석(correspondence analysis) ... 266
      Appendix 1. 거리척도(distance measure) ... 270
      Appendix 2. 공개프로그램을 이용하여 유전거리 구하기 ... 272
      Appendix 3. Arlequin을 이용한 Ewens-Watterson neutrality test ... 276
      Appendix 4. SPSS를 이용한 대응분석(correspondence analysis) ... 277
III. HLA 정보전산학
   11. HLA 자료분석을 위한 생물정보학 알고리즘 ... 282
      1. 생물정보학(bioinformatics) 소개 ... 282
      2. 기계학습(machine learning, computational learning) ... 284
      3. 인공신경망(Artificial Neural Network, ANN) ... 286
      4. Support Vector Machine(SVM) ... 294
      5. 은닉 마르코프 모델 (Hidden Markov Model, HMM) ... 301
      Appendix. HMM 알고리즘에서 확률 추정, 최적 은닉상태 열 및 모수 추정 ... 309
   12. HLA 단백질 구조분석 ... 316
      1. 단백질 구조의 특성 ... 316
      2. HLA 단백질 구조의 특징 ... 320
      3. 단백질 구조 분석의 방법 ... 324
      4. HLA 단백질 구조 분석의 예 ... 336
   13. 인공신경망을 이용한 HLA 혈청학적 특이성 결정 ... 342
      1. 인공신경망을 이용한 HLA 혈청학적 특이성 결정의 필요성 ... 342
      2. 혈청학적 특이성를 결정짓는 인공신경망의 구축 ... 344
      3. 구축된 인공신경망의 성능평가 결과 ... 347
      4. 혈청학적 특이성을 결정짓는 규칙 및 아미노산 잔기의 가중치 추출 ... 351
      5. 인공신경망 결과와 공식명명(official specificity)이 상이한 대립유전자 ... 353
      Appendix 1. Assumed specificity와 ANN 결과가 서로 다른 대립유전자 ... 357
      Appendix 2. HLA-A,-B,-DR 혈청학적 특이성을 결정짓는 잔기의 가중치 ... 359
   14. HLA 결합 펩타이드의 생물정보학적 예측 ... 362
      1. T 세포 에피토프 ... 362
      2. HLA 틈새에 결합하는 펩타이드의 아미노산 위치에 대한 표기 ... 364
      3. HLA - 펩타이드 결합을 예측하는 생물정보학적 방법론 ... 365
      4. 지식기반 유전자알고리즘으로 구축한 RulePitope의 소개 ... 375
      Appendix 1. 정보이론을 이용한 결정트리와 sequence logo ... 378
      Appendix 2. 유전자알고리즘의 기본 개념 ... 383
      Appendix 3. HLA - 펩타이드 결합을 예측하는 웹 공개프로그램 ... 385
   15. 텍스트마이닝 기법을 이용한 HLA - 질병연관성 정보의 자동추출 ... 390
      1. 텍스트마이닝의 정의와 필요성 ... 390
      2. 텍스트마이닝 기법 ... 395
      3. HLA - 질병연관성 정보추출시스템의 구축 사례 ... 401
      Appendix. Medical Subject Headings(MESH) ... 410