프롤로그. 한 사람 = 4
1장 산골 마을에 사는 괴짜 자연인 
  정선 봉화치 마을의 봄 = 18
  봉화치의 괴짜, 씨돌 = 24
  자연의 친구 = 30
  씨돌의 보물상자 = 36
  봉화치 지킴이 = 44
  봉화치를 떠나다 = 54
  씨돌을 기억하는 사람들 = 60
  아저씨와의 인연 = 66
2장 의문의 죽음을 당한 청년들을 돕다 
  아들의 억울한 죽음, 웃음을 잃은 노모 = 82
  죽음 뒤 벌어진 수상한 일들 = 90
  안방으로 숨어든 남자 = 94
  진실을 위해 백방으로 뛰어다니다 = 100
  국회로 간 정연관 상병 사망 사건 = 108
  통한의 십칠 년 = 116
  한울삶 그리고 요한 = 122
3장 어디에나 있었고 어디에도 없었다 
  6월의 명동성당 = 138
  두들겨 맞는 일을 자처하다 = 148
  서울 한복판에서 마주한 씨돌 = 154
  한 사람이라도 더 살리기 위해 = 162
  씨돌은 요한이었다 = 170
4장 세 개의 이름에 담긴 세 개의 초상 
  예상치 못한 곳에서 만나다 = 184
  용현이 요한이 된 이유 = 190
  요한이 씨돌이 된 이유 = 196
  시인이 되다 = 206
  십오 년만의 재회 = 214
  인간으로서 당연한 일 = 224
5장 밤하늘에는 빛나지 않는 별이 더 많다 
  일본에서 찾은 퍼즐의 마지막 조각 = 240
  아! 소리 없이 착한 사람들 = 246
  그가 꿈꾼 세상을, 우리 모두가 = 252
에필로그. 땅속의 잔뿌리들이 있기에 꽃이 핀다 = 258