목차 일부
추천사 ... 6
역자 서문 ... 8
서문 ... 15
1장. 생물학과 전산학
DNA의 구조 ... 26
단백질의 구조 ... 28
인 실리코 ... 29
컴퓨터 사용의 한계 ... 31
2장. 펄 시작하기
쉽지만 오래 공부해야 할 언어 ... 34
펄의 장점 ... 36
펄 설치 ... 39
펄 프로그램 실행 방법 ... 44
문서 편집...
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목차 전체
추천사 ... 6
역자 서문 ... 8
서문 ... 15
1장. 생물학과 전산학
DNA의 구조 ... 26
단백질의 구조 ... 28
인 실리코 ... 29
컴퓨터 사용의 한계 ... 31
2장. 펄 시작하기
쉽지만 오래 공부해야 할 언어 ... 34
펄의 장점 ... 36
펄 설치 ... 39
펄 프로그램 실행 방법 ... 44
문서 편집기 ... 46
도움말 찾기 ... 47
3장. 프로그래밍 기술
프로그래밍, 무엇부터 시작할까 ... 52
편집, 실행, 수정, 저장 ... 52
프로그래밍 환경 ... 55
프로그래밍 전략 ... 56
프로그래밍 과정 ... 59
4장. 서열과 문자열
서열 데이터의 표현 ... 68
DNA 서열 저장을 위한 프로그램 ... 71
DNA 조각 연결 ... 77
전사 : DNA를 RNA로 ... 81
펄 문서의 사용 ... 85
펄의 역상보 계산 ... 86
단백질, 파일, 배열 ... 91
파일에서의 단백질 해석 ... 91
배역 ... 96
스칼라 문맥과 리스트 문맥 ... 100
연습문제 ... 102
5장. 모티프와 루프
제어 흐름 ... 106
코드 배치 ... 114
모티프 탐색 ... 116
뉴클리오타이드 개수 세기 ... 124
문자열을 배열로 분해하기 ... 126
문자열에서의 연산 ... 134
파일에 쓰기 ... 140
연습문제 ... 144
6장. 서브루틴과 버그
서브루틴 ... 147
스코핑과 서브루틴 ... 152
명령어 라인 인자와 배열 ... 159
데이터를 서브루틴으로 보내기 ... 163
서브루틴 모듈과 라이브러리 ... 168
코드의 버그 수정 ... 170
연습문제 ... 187
7장. 변이와 임의화
임의수 생성기 ... 190
임의화를 사용한 프로그램 ... 192
DNA 변이 모의실험 프로그램 ... 200
임의의 DNA 생성하기 ... 213
DNA 분석 ... 220
연습문제 ... 227
8장. 유전자 코드
해시 ... 231
생물학을 위한 데이터 구조와 알고리즘 ... 233
유전자 코드 ... 240
DNA를 단백질로 번역하기 ... 250
FASTA 포맷 파일에서 DNA 데이터 읽기 ... 255
리딩 프레임 ... 266
연습문제 ... 273
9장. 제한 지도와 정규 표현식
정규 표현식 ... 287
제한 지도와 제한 효소 ... 280
펄 연산자 ... 297
연습문제 ... 298
10장. GenBank
GenBank 파일 ... 303
GenBank 라이브러리 ... 307
서열과 주석 분리하기 ... 309
주석 파싱하기 ... 319
DBM을 이용한 GenBank 인덱싱 ... 345
연습문제 ... 352
11장. 단백질 데이터 뱅크
PDB 개요 ... 356
파일과 폴더 ... 358
PDB 파일 ... 369
PDB 파일 파싱 ... 379
다른 프로그램 제어 ... 391
연습문제 ... 398
12장. BLAST
BLAST 구하기 ... 402
문자열 매칭과 상동성 ... 403
BLAST 출력 파일 ... 405
BLAST 출력 파싱 ... 410
데이터 표현 ... 422
바이오펄 ... 428
연습문제 ... 436
13장. 그밖의 논제
프로그램 디자인 기술 ... 439
웹 프로그래밍 ... 440
알고리즘과 서열 정렬 ... 441
객체 지향 프로그래밍 ... 441
펄 모듈 ... 441
복합 데이터 구조 ... 442
관계형 데이터베이스 ... 442
마이크로어레이와 XML ... 443
그래픽 프로그래밍 ... 444
네트워크 모델링 ... 444
DNA 컴퓨터 ... 445
부록 A. 리소스 ... 447
부록 B. 펄 요약 ... 459
찾아보기 ... 504
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