목차 일부
머리말 ... ⅲ
이 책의 내용 ... ⅴ
이 책의 구성 ... ⅶ
이 책을 보는 방법 ... ⅸ
감사의 글 ... xi
Part 1
chapter 01 정보학의 측면에서 바라본 바이오인포매틱스 ... 1
1.1 로제타스톤과 인간게놈지도 ... 2
1.2 바이오인포매틱스란? ... 3
1.3 인간게놈프로젝트의 완성까지....
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목차 전체
머리말 ... ⅲ
이 책의 내용 ... ⅴ
이 책의 구성 ... ⅶ
이 책을 보는 방법 ... ⅸ
감사의 글 ... xi
Part 1
chapter 01 정보학의 측면에서 바라본 바이오인포매틱스 ... 1
1.1 로제타스톤과 인간게놈지도 ... 2
1.2 바이오인포매틱스란? ... 3
1.3 인간게놈프로젝트의 완성까지... ... 4
1.4 바이오디지털 정보들 ... 6
1.5 대표적인 게놈 포털 사이트 ... 14
1.6 바이오디지털 데이터 분석 ... 17
1.7 마무리 ... 18
인터넷 리소스 ... 19
연습문제 ... 20
chapter 02 자바의 개요 ... 21
2.1 자바 프로그래밍 언어 ... 22
자바의 역사 ... 22
자바 프로그램의 구성요소 ... 23
2.2 클래스의 개념 ... 26
2.3 자바의 API ... 29
2.4 자바코드의 기본적인 문법 ... 31
기본 자료형 ... 31
배열 ... 32
문자열 ... 33
연산자 ... 33
다중 break ... 34
메모리 관리와 가비지 수집 ... 34
예외 처리 ... 35
스레드 ... 36
2.5 실제 자바 프로그램의 예 ... 36
2.6 자바 설치하기 ... 39
JDK 다운로드 ... 39
JDK 설치 ... 41
자바 프로그래밍의 시작 ... 46
2.7 마무리 ... 48
인터넷 리소스 ... 49
연습문제 ... 49
chapter 03 기본 서열정보 다루기 ... 51
3.1 자바 프로그래밍 시작 ... 52
서열정보 표현 ... 52
변수와 상수 ... 56
3.2 클래스 사용 ... 57
서열 길이 알아내기 ... 57
3.3 프로그램의 구조 ... 59
조건문 ... 60
반복문 ... 62
3.4 조건문과 반복문 활용 ... 69
코돈 만들기 ... 70
역상보 서열 만들기 ... 72
3.5 서열정보를 입력받기 위한 다양한 방법 ... 75
명령어 라인에서 입력 ... 76
프로그램 실행중에 대화식으로 입력 ... 79
3.6 마무리 ... 81
인터넷 리소스 ... 82
연습문제 ... 82
chapter 04 DNA 서열 클래스 ... 85
4.1 자바의 클래스 ... 86
객체란? ... 86
객체지향과 클래스 ... 87
객체 생성 ... 88
참조변수 ... 91
STATIC 클래스에 관하여 ... 95
4.2 생성자 사용자 정의 ... 96
오버로딩 ... 98
this 변수 ... 99
4.3 메소드 ... 100
4.4 접근 제어자 ... 104
4.5 서열정보 다루기 ... 107
부분 서열 얻기 ... 107
서열 덧붙이기 ... 108
역상보 서열 얻기 ... 109
DNA 빈도수 ... 112
4.6 서열 정렬 ... 117
4.7 마무리 ... 125
인터넷 리소스 ... 125
연습문제 ... 126
chapter 05 RNA 서열 클래스 ... 129
5.1 RNA로 확장 ... 130
RNA 서열 ... 130
5.2 DNA와 RNA의 상속관계 ... 134
객체지향의 상속 ... 134
상속으로 SimpleDNASequence 클래스 다시 정의하기 ... 137
상속으로 SimpleRNASequence 클래스 정의하기 ... 142
오버라이딩 ... 144
코돈에 관한 문제 재고찰 ... 146
5.3 RNA 접힘 문제 ... 154
5.4 형변환 ... 159
상향 캐스팅 ... 159
하향 캐스팅 ... 162
5.5 다형성 ... 164
오버라이딩 ... 164
인터페이스와 추상 클래스 ... 165
5.6 마무리 ... 169
인터넷 리소스 ... 170
연습문제 ... 170
chapter 06 바이오 정보의 파일 입출력 ... 173
6.1 파일 입출력과 예외 ... 174
FASTA 형식 ... 174
스트림을 통한 입출력 ... 175
입출력 과정에서의 예외상황 ... 179
6.2 향상된 파일 입출력 ... 181
버퍼를 이용한 파일 입출력 ... 181
버퍼를 내장하는 입출력 스트림 ... 183
텍스트 파일 입출력을 위한 Reader/Writer ... 186
버퍼를 사용하는 Reader/Writer ... 189
6.3 파일 입출력 활용 ... 191
파일로부터 SimpleDNASequence 객체 생성 ... 191
6.4 예외 관련 클래스 ... 193
예외 클래스 정의 ... 194
예외 발생 ... 195
6.5 메드라인으로부터 논문 초록 다운로드 ... 201
6.6 마무리 ... 203
인터넷 리소스 ... 204
연습문제 ... 204
chapter 07 서열정보 데이터베이스와 GenBank 파일 파싱 ... 205
7.1 GenBank 데이터베이스 ... 206
GenBank ... 206
GenBank 데이터의 분류 ... 209
GenBank 파일 ... 211
7.2 파싱 ... 216
ACCESSION 번호 추출 ... 216
서열정보 추출 ... 219
7.3 기타 서열정보 파일 ... 224
7.4 마무리 ... 228
인터넷 리소스 ... 228
연습문제 ... 228
chapter 08 바이오자바 ... 231
8.1 바이오자바의 개요 ... 232
바이오자바 설치 ... 232
8.2 바이오자바의 서열정보 ... 235
SymbolList 클래스 ... 235
Sequence 클래스 ... 240
8.3 서열분석 정보를 위한 클래스 ... 243
Annotation 클래스 ... 243
Feature 클래스 ... 245
8.4 BioJava 객체 활용 ... 247
BioJava 객체 입출력 ... 247
8.5 서열정보 파일의 형식 변환 ... 249
8.6 단백질 구조정보와 바이오자바 ... 252
PDB ... 252
PDB 파일이 표현하는 3차원 구조 ... 253
PDB 파일 구조 ... 255
8.7 BLAST와 바이오자바 ... 261
BLAST ... 261
BLAST의 실행결과 ... 262
BlastLikeSAXParser ... 265
8.8 마무리 ... 271
인터넷 리소스 ... 271
연습문제 ... 272
chapter 09 윈도 프로그래밍과 그래픽 ... 273
9.1 AWT와 스윙 ... 274
9.2 기초적인 윈도 프로그래밍 ... 274
윈도 생성 ... 274
윈도의 이벤트 처리 ... 278
스윙 ... 284
9.3 윈도 프로그래밍의 실제 ... 286
염기서열 파일 뷰어 ... 286
9.4 자바 그래픽 ... 297
도형 그리기 ... 298
9.5 마무리 ... 312
인터넷 리소스 ... 312
연습문제 ... 312
Part 2
chapter 10 프로젝트 예제 1 - 제한지도 작성 ... 313
10.1 제한효소 ... 314
제한효소와 제한지도 ... 314
제한효소 데이터베이스 ... 316
제한효소의 종류 ... 319
10.2 프로그램 구현단계 ... 319
프로그램 흐름 설계 ... 320
자료구조 설계 ... 321
10.3 제한효소 클래스 ... 321
10.4 제한지도 작성Ⅰ ... 330
10.5 제한지도 작성Ⅱ ... 333
RestrictionMapper 클래스 ... 333
Restriction ver2 ... 335
10.6 바이오자바의 제한효소 ... 338
바이오자바의 RestrictionEnzyme ... 338
바이오자바의 RestrictionMapper ... 340
바이오자바를 이용한 제한지도 작성 프로그램 ... 342
10.7 GUI를 이용한 제한지도 프로그램 - RestrictionEnzMap ... 345
프로그램 개요 ... 345
프로그램 설계 ... 346
자료구조 및 클래스 설계 ... 346
10.8 구현 ... 347
RestrictionEnz ... 347
RestrictionEnzFrame 클래스 ... 350
GraphicPanel ... 364
RestrictionEnzMap 클래스 ... 366
10.9 실행결과 ... 367
10.10 마무리 ... 369
인터넷 리소스 ... 369
chapter 11 프로젝트 예제 2 - 유전자지도 시각화 프로그램 ... 371
11.1 프로그램 개요 ... 372
11.2 프로그램 흐름 ... 374
11.3 자료구조 및 프로그램 구성 ... 374
11.4 구현 ... 375
GenbankFileInfo 클래스 ... 375
GenbankBrowserFrame 클래스 ... 379
MonitorPanel 클래스 ... 386
LinearBrowserComponent 클래스 ... 387
CircularBrowserComponent 클래스 ... 393
11.5 실행결과 ... 403
11.6 마무리 ... 404
인터넷 리소스 ... 404
chapter 12 프로젝트 예제 3 - 미토콘드리아 SNP 비교 브라우저 ... 407
12.1 SNP ... 408
12.2 미토콘드리아 DNA ... 410
12.3 데이터베이스 ... 411
데이터베이스의 구성 ... 411
SQL ... 412
12.4 JDBC ... 416
12.5 MySQL ... 418
12.6 MitoSNPBrowser ... 418
프로그램 개요 ... 418
프로그램 흐름 ... 419
자료구조 및 프로그램 구성 ... 422
12.7 구현 ... 422
ArrayMax 클래스 ... 422
DBManager 클래스 ... 423
MitoSNPBrowser 클래스 ... 425
MonitorPanel 클래스 ... 426
MitoSNPBrowserFrame 클래스 ... 427
MitoSNPBrowserComponent 클래스 ... 432
SequenceViewFrame 클래스 ... 446
ViewSnpSequence 클래스 ... 448
12.8 실행결과 ... 456
12.9 마무리 ... 458
인터넷 리소스 ... 458
chapter 13 프로젝트 예제 4 - 단백질 3차원 구조 시각화 ... 461
13.1 단백질과 단백질 구조 ... 462
13.2 3D 그래픽 ... 463
13.3 프로그램 개요 ... 464
13.4 프로그램 흐름 ... 465
13.5 자료구조 및 프로그램 구성 ... 465
13.6 구현 ... 466
AtomObject 클래스 ... 466
HelixObject 클래스 ... 469
ThreeDModel 클래스 ... 472
PDBOpen 클래스 ... 481
PDBViewer 클래스 ... 486
나머지 클래스들 ... 505
13.7 실행결과 ... 507
13.8 마무리 ... 508
인터넷 리소스 ... 509
Appendix A 자바의 키워드 ... 511
Appendix B 예제 코드에 사용된 메소드 ... 513
찾아보기 ... 525
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