목차 일부

머리말 ... ⅲ
이 책의 내용 ... ⅴ
이 책의 구성 ... ⅶ
이 책을 보는 방법 ... ⅸ
감사의 글 ... xi
Part 1
   chapter 01 정보학의 측면에서 바라본 바이오인포매틱스 ... 1
      1.1 로제타스톤과 인간게놈지도 ... 2
      1.2 바이오인포매틱스란? ... 3
      1.3 인간게놈프로젝트의 완성까지....

더보기

목차 전체

머리말 ... ⅲ
이 책의 내용 ... ⅴ
이 책의 구성 ... ⅶ
이 책을 보는 방법 ... ⅸ
감사의 글 ... xi
Part 1
   chapter 01 정보학의 측면에서 바라본 바이오인포매틱스 ... 1
      1.1 로제타스톤과 인간게놈지도 ... 2
      1.2 바이오인포매틱스란? ... 3
      1.3 인간게놈프로젝트의 완성까지... ... 4
      1.4 바이오디지털 정보들 ... 6
      1.5 대표적인 게놈 포털 사이트 ... 14
      1.6 바이오디지털 데이터 분석 ... 17
      1.7 마무리 ... 18
      인터넷 리소스 ... 19
      연습문제 ... 20
   chapter 02 자바의 개요 ... 21
      2.1 자바 프로그래밍 언어 ... 22
        자바의 역사 ... 22
        자바 프로그램의 구성요소 ... 23
      2.2 클래스의 개념 ... 26
      2.3 자바의 API ... 29
      2.4 자바코드의 기본적인 문법 ... 31
        기본 자료형 ... 31
        배열 ... 32
        문자열 ... 33
        연산자 ... 33
        다중 break ... 34
        메모리 관리와 가비지 수집 ... 34
        예외 처리 ... 35
        스레드 ... 36
      2.5 실제 자바 프로그램의 예 ... 36
      2.6 자바 설치하기 ... 39
        JDK 다운로드 ... 39
        JDK 설치 ... 41
        자바 프로그래밍의 시작 ... 46
      2.7 마무리 ... 48
      인터넷 리소스 ... 49
      연습문제 ... 49
   chapter 03 기본 서열정보 다루기 ... 51
      3.1 자바 프로그래밍 시작 ... 52
        서열정보 표현 ... 52
        변수와 상수 ... 56
      3.2 클래스 사용 ... 57
        서열 길이 알아내기 ... 57
      3.3 프로그램의 구조 ... 59
        조건문 ... 60
        반복문 ... 62
      3.4 조건문과 반복문 활용 ... 69
        코돈 만들기 ... 70
        역상보 서열 만들기 ... 72
      3.5 서열정보를 입력받기 위한 다양한 방법 ... 75
        명령어 라인에서 입력 ... 76
        프로그램 실행중에 대화식으로 입력 ... 79
      3.6 마무리 ... 81
      인터넷 리소스 ... 82
      연습문제 ... 82
   chapter 04 DNA 서열 클래스 ... 85
      4.1 자바의 클래스 ... 86
        객체란? ... 86
        객체지향과 클래스 ... 87
        객체 생성 ... 88
        참조변수 ... 91
        STATIC 클래스에 관하여 ... 95
      4.2 생성자 사용자 정의 ... 96
        오버로딩 ... 98
        this 변수 ... 99
      4.3 메소드 ... 100
      4.4 접근 제어자 ... 104
      4.5 서열정보 다루기 ... 107
        부분 서열 얻기 ... 107
        서열 덧붙이기 ... 108
        역상보 서열 얻기 ... 109
        DNA 빈도수 ... 112
      4.6 서열 정렬 ... 117
      4.7 마무리 ... 125
      인터넷 리소스 ... 125
      연습문제 ... 126
   chapter 05 RNA 서열 클래스 ... 129
      5.1 RNA로 확장 ... 130
        RNA 서열 ... 130
      5.2 DNA와 RNA의 상속관계 ... 134
        객체지향의 상속 ... 134
        상속으로 SimpleDNASequence 클래스 다시 정의하기 ... 137
        상속으로 SimpleRNASequence 클래스 정의하기 ... 142
        오버라이딩 ... 144
        코돈에 관한 문제 재고찰 ... 146
      5.3 RNA 접힘 문제 ... 154
      5.4 형변환 ... 159
        상향 캐스팅 ... 159
        하향 캐스팅 ... 162
      5.5 다형성 ... 164
        오버라이딩 ... 164
        인터페이스와 추상 클래스 ... 165
      5.6 마무리 ... 169
      인터넷 리소스 ... 170
      연습문제 ... 170
   chapter 06 바이오 정보의 파일 입출력 ... 173
      6.1 파일 입출력과 예외 ... 174
        FASTA 형식 ... 174
        스트림을 통한 입출력 ... 175
        입출력 과정에서의 예외상황 ... 179
      6.2 향상된 파일 입출력 ... 181
        버퍼를 이용한 파일 입출력 ... 181
        버퍼를 내장하는 입출력 스트림 ... 183
        텍스트 파일 입출력을 위한 Reader／Writer ... 186
        버퍼를 사용하는 Reader／Writer ... 189
      6.3 파일 입출력 활용 ... 191
        파일로부터 SimpleDNASequence 객체 생성 ... 191
      6.4 예외 관련 클래스 ... 193
        예외 클래스 정의 ... 194
        예외 발생 ... 195
      6.5 메드라인으로부터 논문 초록 다운로드 ... 201
      6.6 마무리 ... 203
      인터넷 리소스 ... 204
      연습문제 ... 204
   chapter 07 서열정보 데이터베이스와 GenBank 파일 파싱 ... 205
      7.1 GenBank 데이터베이스 ... 206
        GenBank ... 206
        GenBank 데이터의 분류 ... 209
        GenBank 파일 ... 211
      7.2 파싱 ... 216
        ACCESSION 번호 추출 ... 216
        서열정보 추출 ... 219
      7.3 기타 서열정보 파일 ... 224
      7.4 마무리 ... 228
      인터넷 리소스 ... 228
      연습문제 ... 228
   chapter 08 바이오자바 ... 231
      8.1 바이오자바의 개요 ... 232
        바이오자바 설치 ... 232
      8.2 바이오자바의 서열정보 ... 235
        SymbolList 클래스 ... 235
        Sequence 클래스 ... 240
      8.3 서열분석 정보를 위한 클래스 ... 243
        Annotation 클래스 ... 243
        Feature 클래스 ... 245
      8.4 BioJava 객체 활용 ... 247
        BioJava 객체 입출력 ... 247
      8.5 서열정보 파일의 형식 변환 ... 249
      8.6 단백질 구조정보와 바이오자바 ... 252
        PDB ... 252
        PDB 파일이 표현하는 3차원 구조 ... 253
        PDB 파일 구조 ... 255
      8.7 BLAST와 바이오자바 ... 261
        BLAST ... 261
        BLAST의 실행결과 ... 262
        BlastLikeSAXParser ... 265
      8.8 마무리 ... 271
      인터넷 리소스 ... 271
      연습문제 ... 272
   chapter 09 윈도 프로그래밍과 그래픽 ... 273
      9.1 AWT와 스윙 ... 274
      9.2 기초적인 윈도 프로그래밍 ... 274
        윈도 생성 ... 274
        윈도의 이벤트 처리 ... 278
        스윙 ... 284
      9.3 윈도 프로그래밍의 실제 ... 286
        염기서열 파일 뷰어 ... 286
      9.4 자바 그래픽 ... 297
        도형 그리기 ... 298
      9.5 마무리 ... 312
      인터넷 리소스 ... 312
      연습문제 ... 312
Part 2
   chapter 10 프로젝트 예제 1 - 제한지도 작성 ... 313
      10.1 제한효소 ... 314
        제한효소와 제한지도 ... 314
        제한효소 데이터베이스 ... 316
        제한효소의 종류 ... 319
      10.2 프로그램 구현단계 ... 319
        프로그램 흐름 설계 ... 320
        자료구조 설계 ... 321
      10.3 제한효소 클래스 ... 321
      10.4 제한지도 작성Ⅰ ... 330
      10.5 제한지도 작성Ⅱ ... 333
        RestrictionMapper 클래스 ... 333
        Restriction ver2 ... 335
      10.6 바이오자바의 제한효소 ... 338
        바이오자바의 RestrictionEnzyme ... 338
        바이오자바의 RestrictionMapper ... 340
        바이오자바를 이용한 제한지도 작성 프로그램 ... 342
      10.7 GUI를 이용한 제한지도 프로그램 - RestrictionEnzMap ... 345
        프로그램 개요 ... 345
        프로그램 설계 ... 346
        자료구조 및 클래스 설계 ... 346
      10.8 구현 ... 347
        RestrictionEnz ... 347
        RestrictionEnzFrame 클래스 ... 350
        GraphicPanel ... 364
        RestrictionEnzMap 클래스 ... 366
      10.9 실행결과 ... 367
      10.10 마무리 ... 369
      인터넷 리소스 ... 369
   chapter 11 프로젝트 예제 2 - 유전자지도 시각화 프로그램 ... 371
      11.1 프로그램 개요 ... 372
      11.2 프로그램 흐름 ... 374
      11.3 자료구조 및 프로그램 구성 ... 374
      11.4 구현 ... 375
        GenbankFileInfo 클래스 ... 375
        GenbankBrowserFrame 클래스 ... 379
        MonitorPanel 클래스 ... 386
        LinearBrowserComponent 클래스 ... 387
        CircularBrowserComponent 클래스 ... 393
      11.5 실행결과 ... 403
      11.6 마무리 ... 404
      인터넷 리소스 ... 404
   chapter 12 프로젝트 예제 3 - 미토콘드리아 SNP 비교 브라우저 ... 407
      12.1 SNP ... 408
      12.2 미토콘드리아 DNA ... 410
      12.3 데이터베이스 ... 411
        데이터베이스의 구성 ... 411
        SQL ... 412
      12.4 JDBC ... 416
      12.5 MySQL ... 418
      12.6 MitoSNPBrowser ... 418
        프로그램 개요 ... 418
        프로그램 흐름 ... 419
        자료구조 및 프로그램 구성 ... 422
      12.7 구현 ... 422
        ArrayMax 클래스 ... 422
        DBManager 클래스 ... 423
        MitoSNPBrowser 클래스 ... 425
        MonitorPanel 클래스 ... 426
        MitoSNPBrowserFrame 클래스 ... 427
        MitoSNPBrowserComponent 클래스 ... 432
        SequenceViewFrame 클래스 ... 446
        ViewSnpSequence 클래스 ... 448
      12.8 실행결과 ... 456
      12.9 마무리 ... 458
      인터넷 리소스 ... 458
   chapter 13 프로젝트 예제 4 - 단백질 3차원 구조 시각화 ... 461
      13.1 단백질과 단백질 구조 ... 462
      13.2 3D 그래픽 ... 463
      13.3 프로그램 개요 ... 464
      13.4 프로그램 흐름 ... 465
      13.5 자료구조 및 프로그램 구성 ... 465
      13.6 구현 ... 466
        AtomObject 클래스 ... 466
        HelixObject 클래스 ... 469
        ThreeDModel 클래스 ... 472
        PDBOpen 클래스 ... 481
        PDBViewer 클래스 ... 486
        나머지 클래스들 ... 505
      13.7 실행결과 ... 507
      13.8 마무리 ... 508
      인터넷 리소스 ... 509
Appendix A 자바의 키워드 ... 511
Appendix B 예제 코드에 사용된 메소드 ... 513
찾아보기 ... 525

더보기 닫기